Klášterní komplex Shio-Mgvime založil v šestém století svatý Shio (jeden ze třinácti syrských otců). Na základě snu se rozhodl žít v tmavé opuštěné jeskyni v blízkosti kostelu nacházejícího se severozápadně od města Mtskheta. Jeho hrob zde můžeme najít dodnes. V jedenáctém století byla hrobka svatého Shia zastavěna kostelem. Další kostel, věnovaný Panně Marii, nechal postavit král David (Stavitel). Refektář byl postaven ve dvanáctém století.